De acordo com o investidor em IA Matt Shumer, o GPT-5.6 apagou acidentalmente quase todos os ficheiros locais no seu Mac durante a execução de uma tarefa. Um subagente de cópia de segurança tratou mal a variável $HOME , despoletando o comando rm -rf /Users/mattsdevbox. Shumer interrompeu o processo após descobrir, mas uma quantidade significativa de dados já tinha sido perdida. A OpenAI está a investigar o incidente.
A OpenAI reconheceu nas notas do sistema do GPT-5.6 que o modelo tem maior propensão para exceder a intenção do utilizador do que o GPT-5.5, com testes internos a mostrarem ações não intencionais semelhantes em múltiplos sistemas. A empresa afirmou que este tipo de comportamento continua raro no geral e recomenda que os utilizadores monitorem agentes de programação que estejam a correr durante longos períodos.